De site heeft verschillende bestandsmappen die gebruikt worden om geuploade en gegenereerde bestanden op te slaan en te verwerken. De bestandsmap <em>publiek</em>, ingesteld in settings.php, is de standaardlocatie om bestanden in op te slaan. Links naar deze bestanden bevatten de directe URL, dus als ze opgevraagd worden verstuurt de webserver ze zonder verdere code uit te voeren. Iedereen die de URL heeft kan het bestand downloaden, de toegang wordt niet beheerd, maar het is wel efficiënt. De map voor <em>afgeschermde bestanden</em>, wordt ook ingesteld in settings.php en is buiten de webroot geplaatst. Links naar bestanden in deze map zijn niet direct, dus worden aanvragen behandeld door de code van de site. Dat betekent dat de site bestandstoegang zal controleren voor elk bestand voordat het verzonden wordt. Aanvragen zijn dus veiliger, maar minder efficiënt. Gebruik afgeschermde bestanden voor bestanden die toegangscontrole vereisen, maar niet voor bestanden die op veel pagina's gebruikt worden zoals het logo van de site of een achtergrondafbeelding. De map voor <em>tijdelijke bestanden</em> wordt door de site gebruikt voor diverse handelingen, en wordt ingesteld op de pagina <a href=":file-system">bestandssysteeminstellingen</a>. Daar worden ook de publieke en afgeschermde mappen weergegeven en wordt ingesteld welke methode standaard gebruikt wordt bij het uploaden van bestanden.